مقدمه مؤلفین    7
فصل 1: کلیات ژنتیک    21
1-1 اساس توارث    23
1-2 ژنوم    26
1-3 تنوع ژنوم    28
1-4 نشانگر ژنتیکی    29
1-5 نشانگرهای ژنتیکی در سطح DNA    31
1-5-1 تکرارهای توالی ساده یا میکروستلایت ها و مینی ستلایت ها    31
1-5-2 چندشکلیهای تک نوکلئوتیدی (SNP)    32
1-6 نقشه یابی ژن‌ها و ژنوم    34
1-7 توابع نقشه یابی ژنتیکی    37
1-8 نقشه یابی ژنتیکی و فیزیکی و مقایسه آنها    40
منابع    42
فصل 2: فنآوریهای تعیین ژنوتیپ و نسل جدید توالی‌یابی و کاربردهای آن    45
2-1 روش های مختلف توالی‌یابی    47
2-2 سرهم سازی کردن و نقشهیابی    49
2-3 تکنیک های توالی‌یابی کل ژنوم    53
2-4 تکنیک های نسل دوم توالی‌یابی    56
2-4-1 فنآوری Roch/454 Life Science    58
2-4-2 فنآوری ایلومینا/سولکسا    62
2-4-3 فنآوری ABI/SOLiD    65
2-4-4 روش Ion Torrent    68
2-5 تکنیک های نسل سوم توالی‌یابی    69
2-5-1 روش تعیین توالی مولکولی منفرد (SMRT)    69
2-5-2 روش Heliscope    72
2-5-3 روش نانومنفذ    72
2-6 شرح نویسی یا حاشیه نویسی ژنوم    75
2-7 هستی شناسی ژن (GO)    76
2-8 کاربردهای تکنیک های نسل جدید توالی‌یابی    77
2-8 -1 ریزآرایه DNA    78
2-8-2 ریز آرایه های RNA-Seq    81
2-8-2-1 محدودیت کاربرد ریزآرایه ها    83
2-8-3 برهمکنش پروتئین-DNA (ChIP-seq)    83
2-8-4 اپی ژنوم (آنالیز متیلاسیون)    84
2-9 پروژه توالی‌یابی ژنوم انسان    85
2-10 پروژه های توالی‌یابی مرتبط با ژنوم توسط تکنیک های نسل جدید توالی‌یابی    88
2-10-1 پروژهی HapMap    88
2-10-2 پروژهی 1000 ژنوم    91
2-10-3 پروژه اِنکُد    99
2-10-3-1  نتایج قابل تأمل از پروژهی انکد    100
2-11  بازنگری در مفهوم ژن    102
2-11-1 یک ژن-بیش از یک پروتئین    105
2-11-2 بسیاری از ژن ها بیش از یک پروموتر دارند    105
2-11-3 پیرایش متناوب اجازه رمز کردن ایزوفرم های پروتئینی متعدد را می دهد    107
منابع    109
فصل 3: مسائل مرتبط با استنباط هاپلوتیپ، بلوک‌های هاپلوتیپ و تگ SNP    111
3-1 ضرورت مطالعه استنباط هاپلوتیپ‌ها    113
3-2 استنباط هاپلوتیپ‌ها با استفاده از داده‌های تعیین ژنوتیپ شده    115
3-3 مسئله ی استنباط هاپلوتیپ‌ها و تعیین فاز ژنوتیپ    118
3-3-1 روشهای بیشترین پارسیمونی    119
3-3-2 مدل فیلوژنی کامل    121
3-3-2-1 برآورد فراوانی هاپلوتیپ‌ها    122
3-3-3 مدل حداکثر درستنمایی    123
3-3-3-1 تعادل هاردی-واینبرگ    123
3-3-4 مدل بیزی    126
3-4 بلوک‌های هاپلوتیپی    127
3-5 مسئلهی قسمت بندی بلوک هاپلوتیپ‌ها    133
3-6 واگرائی هاپلوتیپ‌ها    135
3-6-1 هتروزیگوسیتی هاپلوتیپ‌ها    135
3-6-2 هاپلوتیپ‌های رایج    136
3-7 عدم تعادل پیوستگی (LD)    137
3-8 ارزیابی میزان LD در جمعیت    139
3-9 عوامل ایجاد LD در جوامع    144
3-10 پیشبینی میزان LD با اندازه جمعیت محدود    145
3-11 میزان LD در جمعیت های انسان و حیوانی    147
3-12 میزان LD بین جمعیت ها و نژادها    150
3-13 مثال عملی محاسبه میزان LD داده‌های حاصل از تراشه SNP    153
3-14 آزمون چهار گامتی    156
3-15 ساختار قسمت بندی بهینه    157
3-16 کاربردهای قسمت بندی بلوک هاپلوتیپ‌ها    158
3-17 انتخاب تگ SNP    160
منابع    163
فصل 4: نقشهیابی QTL    171
4-1 نقد فرضیه مدل بی نهایت جایگاه های ژنی با اثرات جزیی (IFM)    173
4-2 شناسایی مکان های ژنی موثر بر صفات کمّـی    176
4-3 عوامل مؤثر بر آگاهی از ساختار ژنتیکی صفات کمّـی    177
4-4 روش های شناسایی مکان های ژنی مؤثر بر صفات کمّـی    177
4-4-1 رویه ژن کاندیدا    178
4-4-2 نقشهیابی QTL    180
4-5 روش های آماری نقشهیابی QTL    181
4-5-1 ردیابی QTL بدون استفاده از نشانگرها    181
4-5-1-1 روش آزمون همگنی واریانس    182
4-5-1-2 روش آزمون مختلط    183
4-5-1-3 روش تفرق بیزی    184
4-5-1-4 آزمون جایگشتی    185
4-5-1-5 ایجاد جهش    186
4-5-2 نقشه یابی QTL با استفاده از نشانگر    187
4-5-2-1 نقشه یابی QTL مبتنی بر تعادل پیوستگی (LE)    188
4-6 طرح های آزمایشی (جمعیت های مورد استفاده) برای نقشه یابی QTL    189
4-6 -1 جمعیت F2    190
4-6 -2 جمعیت F2:3    190
4-6-3 جمعیت های حاصل از تلاقی برگشتی    190
4-6 -4 لاینهای اینبرد نوترکیب    190
4-6-5 لاین های تقریباً ایزوآللیک    191
4-6-6 طرح دختری و نوه دختری    191
4-7 روش های تجزیه و تحلیل آماری برای ردیابی QTL    193
4-7-1 روش توابع مولد گشتاور    193
4-7-2 روش حداقل مربعات    193
4-7-3 روش حداکثر درست نمایی    194
4-7-4 روش حداکثر درستنمایی باقیمانده یا محدود شده    194
4-7-5 روش آنالیز تک نشانگری    194
4-7-6 روش بیزی    196
4-7-6-1 الگوریتم زنجیره مارکوف مونت کارلو و تکنیک نمونه گیری گیبس    198
4-7-7 روش نقشه یابی فاصلهای ساده    198
4-7-7-1 نقشه یابی فاصله ای با استفاده از روش حداکثر درست نمایی    201
4-7-8 روش رگرسیونی هالی و نوت    202
4-7-8-1 مقایسه روش نقشه یابی فاصله ای با روش تک نشانگری    203
4-7-9 رگرسیون چندگانه روی ژنوتیپ های نشانگری    204
4-7-9-1 نقشه یابی فاصله ای مرکب یا CIM    204
4-7-9-2 مقایسه روش نقشه یابی فاصله ای ساده با روش نقشه یابی فاصله ای مرکب    205
4-7-10 نقشه‌یابی فاصله ای چندگانه (MIM)    206
4-8 آستانه برای ادعای وجود QTL (مشکلات مقایسات چندگانه)    208
4-8-1 تصحیح برای P-Value    209
4-8-1-1 کنترل خطای نوع اول در سطح خانواده (FWDR)    209
4-8-1-2 کنترل نرخ کشف اشتباه(FDR)    210
4-8-2 تعیین P-value    213
4-8-2-1 آزمون جایگشتی    213
4-8-2-2 جکنایف    213
4-8-2-3 اعتبار سنجی    214
4-9 تعیین فاصله اطمینان (CI)    214
4-9-1 پیش بینی قطعی    215
4-9-2 افت درستنمایی    215
4-9-3 بوت استراپینگ    216
4-10 معایب تشخیص QTL با استفاده از نقشه یابی مبتنی بر LE    216
4-5-2-2 نقشه یابی QTL مبتنی بر عدم تعادل پیوستگی (LD)    218
4-5-2-2 -1 مطالعات پویش کل ژنوم برای مکانیابی QTL    218
4-4-3 تلفیق روش های پویش ژنوم و ژن‌های کاندیدا    219
منابع:    221
فصل 5: مطالعه تنوع ژنتیکی، ساختار جمعیتی و خرده ساختار جمعیتی    228
5-1 تعاریف ساختار جمعیت و خرده ساختار جمعیتی    230
5-2 اهمیت مطالعه ساختار جمعیتی و خرده ساختار جمعیتی    231
5-3 لایهبندی جمعیتی و مطالعات پویش کل ژنومی    234
5-4 فواصل ژنتیکی در جامعه    235
5-4-1 اساس زیست‌شناختی فاصله ژنتیکی    235
5-4-2 استفاده از سهم آلل‌های مشترک در محاسبه فاصله ژنتیکی بین افراد    236
5-4-3  فواصل ژنتیکی بین خرده جوامع    237
5-5 روش‌های تجزیه‌وتحلیل ساختار جامعه    238
5-5-1 روش‌های خوشه‌بندی داده‌ها    238
5-5-1-1 داده‌کاوی و کشف دانش    238
5-5-2 آموزش ماشین    239
5-5-2-1 آموزش با نظارت    240
5-5-2-2 آموزش بدون نظارت    241
5-5-2-3 آموزش امدادی    241
5-5-3 تعریف خوشه‌بندی    242
5-5-3-1 الگوریتم‌های خوشه‌بندی    242
5-5-3-1-1 روش‌های پارامتری    243
5-5-3-1-2 روش‌های ناپارامتری    243
5-5-4 روش‌های سنتی و مرسوم تجزیه‌ و تحلیل ساختار جامعه    246
5-5-4-1 روش‌های مبتنی بر اندازه‌گیری فواصل    246
5-5-4-2  روش‌های مبتنی بر مدل    253
5-5-5 خوشه‌بندی شبکه‌ای بدون نظارت    264
5-5-5-1 مدل پاتس    267
5-5-5 -1-1  تغییر و تحول فاز در مدل فرومغناطیسی پاتس    270
5-5-5-2 شبیه‌سازی مونت کارلوی مدل پاتس    272
5-5-6  خوشه‌بندی داده‌ها با SPC    272
5-5-6-1  الگوریتم STS    275
5-6 پارامترهای جامعه    279
5-6-1 غنای آللی (AR)    279
5-6-2 غنای اختصاصی آللی (pAR)    280
5-6-3 تنوع ژنی یا برآورد هتزوزیگوسیتی مورد انتظار    280
5-7 مثال عملی مشخص کردن ساختار جمعیتی با استفاده از تراشه 50K    281
منابع    284
فصل 6: مطالعات پویش کل ژنوم    291
6-1 دلیل وجود LD در سطح جمعیت    293
6-2 دلیل امکان مطالعات پویش کل ژنومی    293
6-3 مطالعات پویش کل ژنوم    299
6-4 روش‌‌های آماری در مطالعات پویش کل ژنومی    303
6-4-1 آزمون مطالعات پویش کل ژنوم با استفاده از رگرسیون تک نشانگری    303
6-4-1-1 توان آزمون های پیوستگی در سطح ژنوم با استفاده از رگرسیون تک نشانگری:    306
6-4-1-2 اثر آستانه های معنیدار آماری برای تشخیص QTL براساس رگرسیون تک نشانگری    308
6-4-2 آزمون مطالعات پویش کل ژنومی با استفاده از هاپلوتیپ‌ها    311
6-4-2-1 نقشهیابی  QTLمبتنی بر LD با استفاده از مدل IBD    314
6-4-2-1-1 محاسبه ماتریس IBD    314
6-4-2-1-2 شناسایی QTL مبتنی بر LD با استفاده از مدل IBD    316
6-4-2-1-3 تشکیل ماتریس IBD با استفاده از هاپلوتیپ‌های نشانگر    317
6-5 برآورد واریانس QTL و نقشهیابی QTL    319
6-6 مقایسه بین رگرسیون تک نشانگری با هاپلوتیپ    320
6-7 تحقیقات انجام شده در زمینه مطالعات پویش کل ژنوم    321
6-8 مثال عملی مطالعه پویش کل ژنوم با تراشه SNP    324
6-8-1 ذخیره سازی و فراخوانی داده‌های ژنومیکی    324
6-8-2 کنترل کیفی (QC) نشانگرهایSNP تعیین ژنوتیپ شده    329
6-8-3 کنترل کیفی همزمان تمامی نشانگرهای SNP و نمونه به طور خودکار    336
6-8-3-1 فایل های ورودی برنامه snpQC    337
6-8-3-2 نحوه اجرای برنامه snpQC    339
6-8-4 آنالیزهای آماری تک نشانگری SNP    340
6-8-5 نمایش توزیع معنیداری نشانگرها    343
6-8-6 تشکیل لیست ژن‌ها در اطراف SNPهای معنیدار    349
6-9 مطالعات پویش کل ژنومی برپایه آنالیز مسیر    350
6-9-1 استخراج کل ژن‌های موجود در ژنوم گاو و ارتباط دادن SNPها با ژن‌ها    350
6-9-2 تعیین کردن نقش عملکردی و گروه بندی ژن‌های استخراج شده و آنالیز پیوستگی    352
6-10 آشنایی با نرم افزار پلینک    357
6-10-1 آماده سازی داده‌های خام برای فراخوانی در برنامه پلینک    357
6-10-2 کنترل کیفیت داده‌های ژنومی با پلینک    360
6-10-3 تبدیل فرمت از فرمت ژنوتیپی به فرمت مورد نیاز پلینک    360
6-10-4 مطالعات پویش کل ژنومی با استفاده از برنامه پلینک    361
6-10-5 در نظر گرفتن لایهبندی جمعیت با استفاده از برنامه پلینک    362
منابع    362
فصل 7: شناسایی نواحی ژنومی تحت انتخاب    367
7-1 روش های مطالعه ژن‌های مؤثر بر صفات کمّـی    369
7-2 اهمیت شناسایی نشانه های انتخاب    370
7-3 تئوری پویش ژنومیک نشانه های انتخاب در شناسایی مناطق ژنومی    371
7-4 روش های آماری مختلف در شناسایی نشانه های انتخاب    376
7-4-1 آزمونهای آماری بر پایه تمایز بین جمعیت ها    376
7-4-1-1 شاخص FST    376
7-4-1-2 آماره hapFLK    377
7-4-2 آزمون های آماری بر پایه ی LD و طول هاپلوتیپی    378
7-4-2-1 آزمون هموزایگوسیتی هاپلوتیپ‌های بسط یافته (EHH)    378
7-4-2-2  آزمون نمره هاپلوتیپ تمایز یافته (iHS)    379
7-4-2-3 آزمون هموزایگوسیتی هاپلوتیپ‌های بسط یافته جمعیت تلاقی (XP-EHH)    379
7-4-3 آزمون های آماری بر پایه توزیع فراوانی آللی    379
7-4-4 آزمون های آماری بر پایهی نرخ جایگزینی با نواحی بیمعنی و با معنی    380
7-4-5 آزمون های آماری ترکیبی    381
7-4-6 آزمون های مترادف و مکمل با آزمون های جستجوی نشانه های انتخاب    382
7-5 تحقیقات انجام شده در زمینه شناسایی نشانه های انتخاب    382
7-6 مثال عملی شناسایی نشانه های انتخاب (SOS) با استفاده از FST    387
منابع    392
فصل 8: اصول پیش بینی های ژنومی و انتخاب به کمک نشانگر    397
8-1 انتخاب سنتی یا کلاسیک    399
8-2 معایب انتخاب سنتی یا کلاسیک    402
8-3 انتخاب به کمک نشانگر (MAS)    405
8-4 انتخاب به کمک نشانگرهای LE (LE-MAS)    410
8-5 انتخاب به کمک نشانگرهای LD (LD-MAS)    411
8-5-1 کاربرد LD-MAS با استفاده از روش تک نشانگر    411
8-5-1-1 مثال عملی از LD-MAS با استفاده از روش تک نشانگر    412
8-5-2 انتخاب به کمک هاپلوتیپ (HAS)    416
8-5-2-1 عوامل مؤثر بر صحت انتخاب به کمک هاپلوتیپ    419
8-5-3 کاربرد LD-MAS با تشکیل ماتریس IBD    420
8-6 انتخاب به کمک ژن (GAS)    421
منابع:    421
فصل 9: انتخاب به کمک ژنوم (GAS) یا انتخاب ژنومیک (GS)    425
9-1 معایب انتخاب به کمک نشانگر    427
9-2 انتخاب به کمک ژنوم یا انتخاب ژنومیک    428
9-3 مراحل انتخاب ژنومیک    430
9-4 مزایای انتخاب ژنومیک    431
9-5 عوامل مؤثر بر صحت ارزشهای ژنتیکی افزایشی ژنومیک    433
9-6 نتایج مطالعات مرتبط با صحت در انتخاب ژنومیک    433
9-7 نتایج بکارگیری انتخاب ژنومیک در حیوانات اهلی    449
9-8 مقایسه پاسخ به انتخاب و همخونی در انتخاب ژنومیک و انتخاب کلاسیک    453
9-9 چالش های انتخاب ژنومیک    456
9-10 چشم انداز آینده انتخاب ژنومیک    457
9-11 چگونگی برآورد ارزش های اصلاحی ژنومی در انتخاب ژنومیک    459
9-12 مثال عملی از روش های مختلف برآورد ارزش های اصلاحی ژنومی    461
9-12-1 روش های پارامتری برآورد در انتخاب ژنومیک    461
9-12-1-1 روش های حداقل مربعات معمولی    462
9-12-1-2 بهترین پیش بینی نااریب خطی ریج رگرسیون (RRBLUP)    462
9-12-1-2-1 مثال عملی از انتخاب ژنومیک با استفاده از روش RR-BLUP    463
9-12-1-3 روش بهترین پیش بینی نااریب خطی ژنومیک (GBLUP)    466
9-12-1-3-1 مثال عملی پیش بینی ارزش اصلاحی ژنومیک با GBLUP    467
9-12-1-4 روش های بیزین    469
9-12-1-4-1 بیز ریدج رگرسیون (BayesRR)    470
9-12-1-4-2 بیز A (BayesA)    470
9-12-1-4-3 بیز B (BayesB)    471
9-12-1-4-4 بیز Cπ (Bayes‌Cπ)    471
9-12-1-4-5 بیز L (BayesL)    471
9-12-1-4-6 مثال عملی از اجرای روش های آماری بیزی    472
9-13 ایمپیوتیشن ژنوتیپ در اصلاح نژاد مولکولی    483
9-14 برنامه های مختلف ایمپیوتیشن    486
9-14-1 برنامه‌ Beagle    486
9-14-2 برنامه‌ Minimac    486
9-14-3 برنامه‌ی FImpute    487
9-15 روشهای محاسبه صحت ایمپیوتیشن    488
9-15-1 همبستگی بین ژنوتیپ واقعی و ژنوتیپ ایمپیوت شده    488
9-15-2 مطابقت ژنوتیپی    489
9-15-3 مطابقت آللی    489
9-16 فاکتورهای مؤثر بر صحت ایمپیوتیشن ژنوتیپ ها    491
9-17 نتایج مطالعات ایمپیوتیشن در جمعیتهای مختلف    494
9-18 ایمپیوتیشن توالی کل ژنوم برای انتخاب ژنومیک و مطالعات پویش کل ژنوم    497
9-19 تجزیه و تحلیل عملی ایمپیوتیشن با نرم افزار FImpute    503
منابع    507
فصل 10: بیـوانفـورمـاتیـک: پایگاه داده‌ها، همردیفی توالـی، پیـشگویـی ژن    513
10-1 بیوانفورماتیک    515
10-2 تاریخچه علم بیوانفورماتیک    515
10-3 اهداف علم بیوانفورماتیک    516
10-4 حوزه های علم بیوانفورماتیک    517
10-4-1 تجزیه و تحلیل توالیهای مولکولی    518
10-4-2 تجزیه و تحلیل ساختارهای مولکولی    518
10-4-3 تجزیه و تحلیل عملکردهای مولکولی    519
10-5 محدودیت های علم بیوانفورماتیک    520
10-6 پایگاه داده‌های زیستی    521
10-6-1 پایگاه داده چیست؟    521
10-6-2 انواع پایگاه داده زیستی    522
10-6-2-1 پایگاه داده‌های اولیه    523
10-6-2-1-1 ژن بانک    524
10-6-2-2 پایگاه داده‌های ثانویه    531
10-6-2-3 پایگاه های داده اختصاصی    533
10-6-3 ضعف های پایگاه های دادهزیستی    533
10-6-4 بازیابی اطلاعات از پایگاه داده‌های زیستی    535
10-6-4-1 Entrez    535
10-7 همردیف کردن توالی    536
10-8 مبنای تکاملی همردیف کردن    537
10-9 هومولوژی توالی ها در برابر تشابه توالی ها    538
10-10 روشهای همردیفی    539
10-10-1 هم ردیفی سرتاسری و هم ردیفی محلی    539
10-11 الگوریتم های هم ردیفی    539
10-12 جستجوی تشابه در پایگاه داده    541
10-13 ملزومات جستجوی پایگاه داده    541
10-14 جستجوی مکاشفه ای پایگاه داده    542
10-14-1 برنامه BLAST    542
10-15 هم ردیفی چند گانه توالی ها    543
10-16 جستجوی پیشرفته پایگاه داده     544
10-16 -1 مدل PSI-BLAST    544
10-16-2 مدل مارکوف و مدل پنهان مارکوف    546
10-17 هم ردیفی کل ژنوم    549
10-18 پیشگویی ژن    551
10-18 -1 دسته بندی برنامه های پیشگویی ژن    552
10-19 پیشگویی ژن در یوکاریوت ها    553
10-20 برنامه های پیشگویی ژن    555
10-20-1 برنامه های مبتنی بر از ابتدا    555
10-20-1-1 پیشگویی با استفاده از شبکه های عصبی    556
10-20 -1-2 پیشگویی با استفاده از آنالیز تفکیک کننده    557
10-20-1-3 پیش بینی با استفاده از HMM    558
10-20-2 برنامه های مبتنی بر هومولوژی    559
10-20-3 برنامه های مبتنی بر توافق    561
10-21 پیش گویی پروموتر و عناصر تنظیم کننده    561
10-21-1 برنامه های مبتنی از ابتدا    562
10-21-2 روش های جای پا نگاری فیلوژنتیکی    562
منابع    565
فصل 11: مطالعه ساختاری ژنوم    567
11-1 مطالعه ژنوم    569
11-2 حوزه مطالعات ژنومیک    569
11-3 پایگاه های داده حاوی اطلاعات مطالعه ساختاری    570
11-4 پایگاه داده NCBI    571
11-4-1 نرم افزار Mapviewer    571
11-5 پایگاه داده UCSC Genome Browser    576
11-5-1 نرم افزار Genome Browser    576
11-6 پایگاه دادهENSEMBL    589
11-6-1 نرم افزار Biomart    589
11-7 نقشه برداری مقایسه ای    598
11-8 استخراج اطلاعات ژن‌ها و SNPها با استفاده از برنامه BiomaRt    601
11-8-1 استخراج ژن‌ها    601
11-8-2 تبدیل نام تجاری SNPها به فرمت dbSNP یا ref sequence    604
11-8-3 شرح نویسی SNPها    605
منابع    607
فصل 12: مطالعه عملکردی ژنوم    608
12-1 مطالعه عملکردی ژنوم    610
12-2 روش های مبتنی بر توالی    610
12-2-1 برچسب های توالی بیان شده    610
12-2-1-1 تهیه و نحوه آنالیز کتابخانه های EST    611
12-2-1-2 دسترسی به کتابخانه های EST    614
12-2-1-3 کاربرد کتابخانه های EST    614
12-2-2 بررسی سریالی بیان ژن (SAGE)    615
12-3 روش های مبتنی بر ریزآرایه    616
12-3-1 طراحی اولیگونوکلئوتیدها    617
12-3-2 گردآوری داده‌ها    619
12-3-3 پردازش تصویر    619
12-3-4 تبدیل و نرمال سازی داده‌ها    621
12-3-5 تجزیه و تحلیل‌های آماری جهت تعیین ژن‌های با بیان متفاوت    623
12-3-6 طبقه بندی با نظارت و بدون نظارت    624
12-4 تکنیک   RNA-seq    625
12-5 تفاوتهای اساسی بین Microarray با RNA-Seq    625
12-6 مثال عملی از تجزیه و تحلیل داده‌های حاصل از تکنیک RNA-Seq    626
12-6-1 کنترل کیفی و پیش پردازش خوانش ها    632
12-6-2 هم ردیف کردن خوانش های کنترل کیفی شده    637
16-6-3 مرحله سرهم سازی کردن مجموع رونوشت ها و کمی کردن بیان ژن    648
16-6-4 آنالیز تفرق بیان ژن    651
16-6-5 تصویر سازی نتایج    654
منابع    656
ضمیمه 1: آشنایی مقدماتی با زبان برنامه نویسی R    660
ضمیمه 2: آشنایی مقدماتی با RSQLite    714
ضمیمه 3: آشنایی مقدماتی با لینوکس    730